Экспозиция рассказывает о истории усадьбы «Ботик Петра I» с конца XVII века, когда она была местом, где располагался потешный двор царя до визита сюда последнего российского императора Николая II в 1913 году. Основа экспозиции первого зала подлинные вещи конца XVII века, связанные со строительством первых русских судов на берегах Плещеева озера: инструменты, которыми пользовались петровские корабелы; детали судов, их вооружение и снаряжение. Особую ценность представляют корабельные украшения, выполненные резчиками Оружейной палаты. Образную убедительность деяниям Петра по созданию флота придает картина академика живописи Д.Н. Кардовского «Петровская флотилия на Переславском озере 25 августа 1692 года».
«Комната Петра I»–реконструкция интерьера одной из светлиц царского дворца. Здесь собраны типологические вещи петровского времени: мебель, предметы старинной утвари. В экспозиции можно увидеть портреты членов семьи Петра I его батюшки царя Алексея Михайловича, матушки Наталии Кирилловны и первой супруги Евдокии Лопухиной.
Третий зал экспозиции–парадный, его основной замысел–воздать должное Петру, и наконец–то, обозначить роль Владимирского дворянства в сохранении этого исторического места. На фоне интерьера общественных усадебных помещений середины XIX столетия представлены архивные документы по истории усадьбы, портреты людей принимавших участие в ее судьбе (Николай I, И. М. Долгоруков и др).