Экспозиция посвящена истории и культуре города Мологи и Мологского района Ярославской области, расселенных и затопленных на рубеже 1930–1940-х годов при строительстве Рыбинской ГЭС. В результате был расселен и уничтожен старинный город Молога, многие сельские церкви, более 130 000 жителей этих земель стали вынужденными переселенцами. Выставочные залы располагаются в часовне бывшего рыбинского подворья Мологского Афанасьевского женского монастыря.
Тема затопленных земель раскрывается через несколько тематических комплексов. Первый из них рассказывает об истории Мологского края с древнейших времен до начала XX века и содержит многочисленные исторические фотографии и документы. Второй комплекс посвящен затопленным монастырям, и здесь экспонируются уникальные предметы, спасенные в свое время от разорения. Тематический комплекс «Комната мологжанина» показывает предметы, происходящие из семей переселенцев и бывших жителей затопленных территорий. Раздел «Лики Мологской земли» раскрывает связь Мологи с известными российскими деятелями науки и культуры. Завершает экспозицию тематический комплекс, содержащий уникальные фотографии и документы переселения и затопления конца 1930–начала 1940-х годов; центральный экспонат этого раздела – макет плота переселенца. Демонстрируются кадры кинохроник 1930-х годов о строительстве Рыбинской ГЭС, а также видеозаписи рассказов старых мологжан-переселенцев.