В музее развернуто две тематических экспозиции. Первая из них представляет народное искусство устюжского края ХVII – начала ХХ в. во всем его разнообразии. Здесь и узорное ткачество, вышивка, кубовая набойка, резьба и роспись по дереву, ковка и просечка, керамика.
В Музее этнографии воссоздан уголок интерьера крестьянской избы. Вход в голбец, двери, опечье, заборки, шкафы-поставцы, люлька, сундуки, праздничные дуги, прялки украшены яркой цветочной кистевой росписью, которая широко бытовала в декоративном убранстве крестьянских изб.
На втором этаже размещается экспозиция «Русские праздники». Около 250 экспонатов иконописи, народного и декоративно-прикладного искусства раскрывают содержание праздника как важной составной части культуры русского народа. Главная ценность экспозиции – праздничный ряд иконостаса церкви Димитрия Солунского, включающий 30 икон северной школы письма.