Музей создан в 1972 году на базе лаборатории ихтиологии Института биологии внутренних вод Российской академии наук. Он расположен на берегу Рыбинского водохранилища в посёлке Борок в Ихтиологическом корпусе инстиута. Музей занимает просторную восточную часть с большими окнами, обращенными в сторону искусственного канала, напрямую связывающего его с водохранилищем.
Основой экспозиции стал большой бассейн (около 30 куб. м ), в котором в разное время обитали щуки, сомы, жерехи и осетры. Все эти рыбы имели значительные размеры, например, сом - длиной 1.3 м и весом - около 40 кг. Не уступали ему по величине и щуки. В аквариумах объемом до 2 куб. м содержали карпов, карасей, лещей, линей, угрей, судаков и представителей осетровых.
Для придания законченности экспозиции в музее были оформлены стенды с фотографиями, отражающими историю института, лаборатории экологии рыб (лаборатории ихтиологии), иллюстрирующие основные направления научных исследований. В дальнейшем появились аквариумы с представителями экзотической пресноводной ихтиофауны тропических и субтропических стран. В музее появились пираньи, долгое время в аквариуме жили эффектные крупные представители цихлид - астронотусы. Основной экспозицией музея всегда была коллекция "Рыбы Волги", а существенную ее часть составляли виды, представляющие недавнюю историю великой реки - осетровые.
Официальный статус музей-аквариум получил в 1996 году. В коллекции представлено несколько десятков рыб разных видов.