Дом, в котором располагается музей И.Д. Папанина, был одним из первых в Борке домов "финской" постройки 1950-х гг. Он стоит в небольшой березовой роще, рядом с лабораторными корпусами Института биологии внутренних вод. Этот щитовой деревянный дом сохранил свой внутренний облик именно в том виде, который и был при Папанине. В музее находится 5 мемориальных комнат: столовая, прихожая, кухня, кабинет-спальня, ванная. Здесь два экспозиционных помещения: остекленная веранда и бывшая кладовая, есть также тамбур с крыльцом и служебная комната.
На веранде представлен период жизни Папанина «до Борка». Здесь можно увидеть фотографии времен Гражданской, а потом Отечественной войны, полярных экспедиций, периода работы в Географическом обществе. В музее выставлены унты, в которых И.Д. Папанин был на Северном полюсе, его радио и патефон, который подарили ему американцы по случаю его возвращения с льдины. Здесь же контр-адмиральский китель полярника, его форменная фуражка и чехлы от его охотничьих ружей. В столовой – буфет, диван с бязевым чехлом, раздвижной обеденный стол, накрытый белой скатертью, стулья, два кресла, картины на стенах. В кабинете, который служил также спальней, находится письменный стол, металлическая кровать, телевизор, радиоприемник, стулья, мягкое кресло. На стенах – две картины маслом с изображением Папанина, датированные 1938 г. На рабочем столе - чернильный деревянный прибор, который Папанину подарили воспитанники детской коммуны в 1934 г. На кухне – кустарного производства кухонная мебель, газовая плита, котел парового отопления. В центральной экспозиционной комнате представлена история развития Института биологии внутренних вод в документах и фотоматериалах. В прихожей стоит тумбочка и вешалка для одежды.
Возглавляет музей Валентина Александровна Романенко, она директор музея и родная племянница И.Д. Папанина (дочь его младшей сестры). Приехала в Борок из Севастополя в конце 1950-х годов.
В структуре музея имеется архив и библиотека.